Se está falando das informações contidas no WhatsApp, elas não se beneficiam das funções do iCloud como o app Fotos e demais apps nativos da Apple.
O WhatsApp armazena todos os seus dados no próprio dispositivo, e para realizar um backup destes dados, somente realizando o backup completo do dispositivo em um computador Mac ou PC através dos apps Finder/Música ou iTunes.
Veja algumas informações sobre os backups:
Métodos de backup para iPhone, iPad e iPod touch - Suporte da Apple (BR)
Dentro do próprio WhatsApp existe a função de backup para um serviço na nuvem, iCloud no caso de iPhones, mas você precisa configurá-lo dentro do aplicativo, e toda a gestão dos dados será feita pelo WhatsApp, sem interferência das funções do iOS no processo, apenas usando o seu iCloud como armazenamento mesmo.
A saber, para que o backup do WhatsApp funcione, ele precisa de um espaço livre no aparelho igual a 2,05x o tamanho do próprio backup que ele fará. Não sei o motivo desta condição, mas é do próprio WhatsApp. Veja https://faq.whatsapp.com/481135090640375/?cms_platform=iphone&helpref=platform_switcher
O backup do próprio iPhone no iCloud não carrega 100% das informações do aparelho. Algumas coisas você terá que configurar/obter novamente caso recupere um iPhone a partir do iCloud.
Somente o backup realizado em um computador terá 100% das informações, permitindo que você restaure um iPhone de forma que esteja plenamente configurado como era no momento da realização daquele backup.
Sobre fotos que estavam no seu app Fotos do iOS, caso sua biblioteca de fotos tenha um tamanho que caiba no seu iCloud, por exemplo uma biblioteca de 100GB e iCloud de 200GB, todas as fotos estarão sincronizadas.
Se você não assina o iCloud, ou assina um plano de menor capacidade (50GB), suas fotos não estarão todas sincronizadas com o serviço por falta de armazenamento, ou seja, muitas fotos estarão somente no aparelho (e em um backup completo no Mac/PC.
Caso sua situação seja a segunda condição e o aparelho precisou ser formatado, se você não realizou um backup completo no computador, as imagens não sincronizadas foram perdidas.
