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Parece frustrante, mas antes de desistir completamente, é bom tentar algumas opções. A Apple Pencil 2 deve ser carregada diretamente no iPad, então tente conectá-la novamente no iPad mini e aguarde alguns minutos para ver se ela começa a carregar. Se não funcionar, tente reiniciar o iPad e reconectar a Apple Pencil.
Se mesmo assim não funcionar e a loja informou que é necessário comprar uma nova, pode ser que a bateria interna da Apple Pencil tenha falhado permanentemente. Nesse caso, a compra de uma nova realmente seria a única opção, já que a Apple não oferece reparo para a Apple Pencil.
Se o seu iPad ainda estiver na garantia, você pode verificar com a Apple se há alguma possibilidade de assistência ou troca.